wp_script_add_data()という関数がありまして、これを使うとすでにwp_enqueue_script()で登録済のスクリプトにメタデータを追加することができます。

例えばIE9対応

こういうコードありますよね。

<!--[if lt IE 9]>
<script type='text/javascript' src='https://example.com/wp-content/themes/sample-theme/js/console-polyfill.js?ver=1.0.0'></script>
<![endif]-->

これがこうなります。

function demo_enqueue_scripts() {
    wp_enqueue_script( 'wpdemo', path_join( get_template_directory_uri(), 'js/console-polyfill.js' ) );
    wp_script_add_data( 'wpdemo', 'conditional', 'lt IE 9' );
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'demo_enqueue_scripts' );